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| Taxon | Collector | Date | Country | State/Province | Locality | Type Status | Barcode | Notice | ||
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| Capparis bonifaziana Cornejo & Iltis | X. Cornejo 7812 | 09 Oct 2003 | Ecuador | Los Ríos | Hacienda Clementina, Puerta Negra, en… | isotype | ||||
| Carpotroche platyptera Pittier | X. Cornejo 8040 | 14 Apr 2008 | Costa Rica | Puntarenas | Corcovado National Park, Los Planes | — |
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| Caryocar | X. Cornejo 8367 | 23 Nov 2010 | Ecuador | Napo | environs of Archidona, finca Amiruca… | — | ||||
| Cassipourea killipii Cuatrec. | X. Cornejo 8238 | 08 Nov 2010 | Ecuador | Esmeraldas | Reserva Ecológica Manglares Cayapas Mataje… | — | ||||
| Cassipourea remacamensis Cornejo & Prance | X. Cornejo 8246 | 08 Nov 2010 | Ecuador | Esmeraldas | Reserva Ecológica Manglares Cayapas Mataje… | isotype |
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| Cavendishia complectens subsp. striata Luteyn var. striata | X. Cornejo 1448 | 30 Jan 1994 | Ecuador | Pastaza | Cerca a Shell. | — |
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| Cavendishia complectens subsp. striata Luteyn var. striata | X. Cornejo 4298 | 14 Aug 1995 | Ecuador | Bolívar | Hcda. Changuil. Nuevo Mundo. | — |
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| Cavendishia engleriana Hoerold var. engleriana | X. Cornejo 6400 | 28 Jun 1998 | Ecuador | Esmeraldas | Reserva Cotacachi-Cayapas, El Pote. | — |
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| Cavendishia engleriana Hoerold var. engleriana | X. Cornejo 6567 | 14 Sep 1998 | Ecuador | Esmeraldas | Reserva Cotacachi-Cayapas, 1 km al… | — |
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| Cavendishia engleriana Hoerold var. engleriana | X. Cornejo 6513 | 12 Sep 1998 | Ecuador | Esmeraldas | Reserva Cotacachi-Cayapas, 1 km al… | — |
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| Cavendishia grandifolia Hoerold | X. Cornejo 8076 | 18 Jan 2009 | Ecuador | Pichincha | Maquipucuna Biological Reserve, Cerro Campana | — |
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| Cavendishia Lindl. | X. Cornejo 4317 | 14 Aug 1995 | Ecuador | Bolívar | Hcda. Changuil, Nuevo Mundo. | — |
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| Cavendishia micayensis A.C.Sm. | X. Cornejo 6419 | 08 Sep 1998 | Ecuador | Esmeraldas | El Silencio. | — |
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| Cavendishia zamorensis A.C.Sm. | X. Cornejo 6701 | 21 Nov 1998 | Ecuador | Zamora Chinchipe | Estación Científica San Francisco. | — |
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| Ceiba pentandra (L.) Gaertn. | X. Cornejo 6078 | 14 Apr 1998 | Ecuador | Guayas | Guayaquil, Cdla. La Pradera. | — |
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| Celtis iguanaea (Jacq.) Sarg. | X. Cornejo 8113 | 30 Jan 2009 | Ecuador | Manabí | El Recreo | — | ||||
| Centrosema | X. Cornejo 8387 | 23 Nov 2010 | Ecuador | Napo | Llanganates, parte baja | — | ||||
| Ceratostema | X. Cornejo 6207 | 23 Apr 1998 | Ecuador | El Oro | Laguna Chillacocha. | — |
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| Ceratostema loranthiflorum Benth. | X. Cornejo 6004 | 09 Feb 1998 | Ecuador | El Oro | Guayquichuma. | — |
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| Ceratostema loranthiflorum Benth. | X. Cornejo 5643 | 18 May 1997 | Ecuador | Loja | Cerro Villonaco. | — |
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| Cestrum schlechtendalii G.Don | X. Cornejo 8274 | 09 Nov 2010 | Ecuador | Esmeraldas | Reserva Ecológica Manglares Cayapas Mataje… | — |
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| Chara haitensis Turpin | X. Cornejo | J. Pérez 10054 | 13 Aug 2022 | Ecuador | Guayas | Quebrada La Tigre ravine, W… | — |
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| Chloroleucon mangense (Jacq.) Britton & Rose | X. Cornejo 3913 | 30 May 1995 | Ecuador | Loja | Bosque Petrificado Puyango al sur. | — |
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| Chomelia | X. Cornejo 8047 | 09 Sep 2008 | Ecuador | Napo | Reserva Biologica Jatun Sacha, ca… | — |
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| Chrysobalanaceae | X. Cornejo 8312 | 15 Nov 2010 | Ecuador | Santo Domingo de los Tsáchilas | Sector Cristal de Lelia, entrando… | — |